Para alcanzar nuestros objetivos contamos con tres programas, un área administrativa contable y un área de consultoría. Los programas se encargan de la ejecución de los proyectos, el área administrativo contable de la gestión financiera y el área de consultoría, de reciente creación, un conjunto de servicios profesionales orientados a promover el desarrollo en nuestro país.

Asimismo, contamos con una instancia de debate y toma de decisiones bajo la responsabilidad del Comité de Programas. Esta instancia se denomina Planeamiento Estratégico y Desarrollo Institucional (PEYDI) y es el espacio de planificación institucional y toma de decisiones estratégicas. Todo el equipo de CooperAcción participa del PEYDI dos veces al año.